在生物、医学领域，有些想法看起来很完美，但在实践中难免会遇到各种预料之外的问题。
以先天性 A 型血友病 (Haemophilia A) 为例，这种遗传缺陷是血液中缺乏正常功能的第8凝血因子引起的，其症状表现为人体无法凝血形成血块来止血，病人受伤后流血时间更长，平时还容易产生淤青，病人关节内出血、脑出血更是家常便饭。第8凝血因子基因位于 X 性染色体上，所以 A 型血友病患者大多是男性。
如果给病人细胞中引入正常的第8凝血因子基因，病人体内产生正常的第8凝血因子，那不就根治了 A 型血友病吗？基因疗法也确实是这样做的，用的转基因工具其中就有 AAV。
在发育早期，机体产生或接触过的蛋白质都被免疫系统识别标记为自己“人”；凡是在这个阶段没有接触过的，将来接触后都被免疫系统认为入侵者、要被干掉。
所以问题来了。如果先天性血友病患者，在发育期间身体里没有产生第8凝血因子，那么通过基因疗法病人的肝脏细胞制造的第8凝血因子，将会被免疫系统认为是“入侵者”。现在临床上约三分之一接受基因疗法的患者体内产生了针对第8凝血因子的中和抗体。
基因疗法治疗 A 型血友病的最佳时机是胎儿期，这样的话胎儿机体会把外来基因表达的凝血因子当成自己的。
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