注：引号中为引文，非引号蓝色字体为牛评。新闻来源于中科院古脊椎所公众号。细节有删节，不影响理解。
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北京时间9月25日，Cell杂志在线发表中国科学院古脊椎动物与古人类研究所（以下称“古脊椎所”）。。。联合中国科学院大学人文学院。。。与新疆文物考古研究所、新疆大学、国家文物局考古研究中心、北京大学第三医院等单位合作针对新疆小河墓地出土“最古老奶酪”的系统性古微生物基因组研究成果“Bronze Age cheese reveals human-Lactobacillus interactions over evolutionary history”（论文主要完成人付巧妹，刘逸宸、杨益民）。
该研究被选为Cell重点推荐论文，是国际首个古代奶制品遗存宏基因组研究。付巧妹团队历经11年探索和研究，。。。，使得第一例古代全基因组研究成为可能。研究从距今约3,500年的3例古老奶酪样本中提取出26x高质量的古代开菲尔中的乳酸菌（Lactobacillus kefiranofaciens）基因组，发现其形成不同于欧洲菌株的分支，揭示开菲尔乳酸菌的另一独立的、东亚内陆传播路线；且通过探索开菲尔乳酸菌适应性演化历程，厘清新疆塔里木盆地古人群的生活方式，技术文化的交流和发展，及在进化时间尺度上开菲尔乳酸菌与人群协同演化、互利共生的分子机制。
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3500年前大致对应早商时期。
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古人群通过食用发酵奶制品摄入大量发酵微生物，而这些有益的共生微生物伴随着环境压力、人类活动、技术文化的变迁，及通过长时间与人类体内其他肠道微生物群落的相互作用，其本身基因组也发生了相应的演变，开菲尔乳酸菌的演化亦是如此。通过对青铜时代和现代开菲尔乳酸菌基因组的比较分析，研究得以探究过去数千年里开菲尔乳酸菌的适应性演化特点，同时反映出古人群与该共生微生物的协同演化历史。
考虑到开菲尔酸奶的制作是通过开菲尔粒进行，而古人群在贸易交流中能够很方便交易开菲尔粒，那么这些基因簇的出现很可能与当时人群对携带不同支系开菲尔乳酸菌的开菲尔粒的偏好有关。由此来看，开菲尔乳酸菌这样长时间被人类驯化利用的菌株，其基因组演化除了菌株本身的适应性演化外，也是人类长时间对微生物具偏好性驯化的结果。
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人和食物存在双向自然选择（协同演化）。因此，在缺乏DNA样本的时候，不同的食物偏好能有效地区分不同的人群。举例说，很多中国人乳糖不耐受，因此饮食不会出现很多奶制品。海鲜过敏人群自然也不会出现很多水产品等等。牛氏雅利安理论也应用这一方法，得出许多欧洲东亚人群和美洲人有共同祖先。因为它们的体质适合美洲作物饮食（如土豆、红薯、玉米）。欧洲及东亚南方人群的复兴和引进美洲食物密不可分。
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研究发现用于发酵的开菲尔乳酸菌分两个重要支系，一个支系主要包括来自欧洲（德国）、亚洲沿海和岛屿地区（广东、台湾岛、日本和新加坡）的菌株，该支系符合从高加索扩散到欧洲及亚洲和东南亚沿海地区的扩散路线，而另一支系主要包括分布在东亚内陆地区（包括西藏）的菌株，新疆塔里木盆地古人群用于发酵开菲尔酸奶的菌株便来自该支系，且处在基部位置，这就表明存在另一条通过技术文化交流将开菲尔酸奶制作工艺从新疆地区传播至东亚内陆的传播路线。
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欧洲与东亚有许多相似的镜像的考古的历史的文化现象。付的论文也揭示了这两个人群在乳酸菌消费上喜好的相似性。揭示他们基因上的联系。牛氏雅利安理论认为，这种各自独立的各方面的相似性不是偶然的，而是古代同一个人群向四周扩散（雅利安入侵）的结果。欧亚许多民族都相信，自己的祖先来自，这个扩散的圆心很可能在，欧亚草原。
