J. Craig Venter 死了

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shepherd17
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J. Craig Venter 死了

#1

#1 帖子 shepherd17 »

J. Craig Venter,这位破译人类基因组的科学家于4月29号去世,享年79岁。

John Craig Venter,常自称 J. Craig Venter,中文一般翻译成约翰·克雷格·文特尔,少数人译成奎格·文特。生物医学领域的人应该都听说过他。作为一名敢于冒险的局外人,他为科学史上最大的一场竞赛 - 人类基因组计划 - 带来了速度、竞争与争议。他的事迹也再次有力证实私企效率大大高于国企。

下面是《纽约时报》的报道。

由 Nicholas Wade 报道


J. Craig Venter,这位曾竞速破译人类基因组的科学家兼企业家,于周三在圣迭戈逝世,享年79岁。

他的死讯由他创立的非营利研究机构 - 位于圣迭戈和马里兰州罗克维尔的J. Craig Venter研究所发布。该研究所在声明中表示,Venter博士近期因癌症治疗的副作用而住院。

在20世纪90年代,Venter博士以敢于冒险、竞争激烈著称。他做出了一个大胆的决定:认为耗资30亿美元、由政府主导的“人类基因组计划”进展缓慢,于是决定后来者居上,以更快的方法加入竞赛并试图超越它。

他的赌注成功了。2000年,他的公司Celera与竞争对手团队共同宣布,他们已经组装出了首批人类基因组 - 这是揭示人类疾病与起源遗传基础的里程碑式进展。

Venter博士的自我意识极强。当他透露Celera所测序的匿名基因组捐赠者其实正是他本人时,这一点显露无遗。

但正是他的驱动力和管理能力,使他能够激发团队忠诚,并召集一批杰出的科学家,包括诺贝尔奖得主、微生物学家 Hamilton O. Smith。他们共同在新兴的基因组学领域不断取得突破。

1995年,Venter博士发表了流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)的DNA序列,这是首个被破译的细菌基因组,并附有该生物全部基因的注释。他由此彻底改变了微生物学。

这一时刻令科学界振奋。研究人员首次能够看到一个自由生活生物的全部遗传组成,为微生物学家提供了细菌遗传工具箱的“使用手册”。这也引发了一场针对已知病原体基因组的测序竞赛,旨在识别其遗传武器库并制定应对策略。

他的团队随后转向果蝇基因组,以测试他们的方法 - 即全基因组鸟枪法测序 - 是否能用于他们最大的目标:人类基因组。果蝇基因组于2000年成功破译,为研究果蝇和人类基因组提供了大量信息。

破译人类基因组成为Venter博士的下一项重大挑战,也使他在Celera的团队与由美国和英国领导的学术联盟之间展开竞争。作为主要资助方的美国国立卫生研究院拒绝与Venter博士合作,他于是从Celera公司获得私人资金。

Venter博士的全基因组鸟枪法让他得以抹平竞争对手的领先优势。如果时间和资金充足,他或许能独占这一科学史上最伟大的奖项。然而,他最终还是勉强接受了联盟提出的“平局”方案,并在白宫与比尔·克林顿总统共同出席了相关仪式。

因其在人类基因组测序方面的贡献,Venter博士于2007年获得斯克里普斯海洋研究所颁发的尼伦伯格公共利益科学奖。2009年,他又获美国总统巴拉克·奥巴马授予国家科学奖章。

关于他的家属情况,目前尚未公布。

图片

 

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shepherd17
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Re: J. Craig Venter 死了

#2

#2 帖子 shepherd17 »

人类基因组计划 (Human Genome Project,HGP)是一项规模高,跨国跨学科的科学探索巨型工程。其宗旨在于测定组成人类染色体中所包含的几十亿对核苷酸序列,从而绘制人类基因组图谱,并且辨识其载有的基因及其序列,达到破译人类遗传信息的最终目的。基因组计划是人类为了探索自身的奥秘所迈出的重要一步。

2001年人类基因组工作草图的发表(由公共基金资助的国际人类基因组计划和私人企业 Celera Genomics 各自独立完成,并分别公开发表)被认为是人类基因组计划成功的里程碑。大多数政府资助的测序是在美国,英国,日本,法国,德国和中国的20所大学和研究中心进行。

国际人类基因组计划的启动的重要原因是美国能源部的推动。1984年,在美国犹他州的Alta,由美国政府资助的旨在讨论日益发展的DNA重组技术的会议上,科学家们第一次讨论了人类基因组测序的价值。而首次对于人类基因组测序的可行性进行认真的探讨是在1986年由罗伯特·辛舍梅(Robert Sinsheimer)主持的会议上。与会者的发言:“这计划(人类基因组启动计划)的最终目标是了解人类基因组”,“就像了解人类身体构造对于目前医学发展的贡献,对人类基因组的了解将对医学和其他健康科学研究提供必不可少的支持”。随后,美国健康与环境研究项目主任查尔斯·德利斯决定对人类基因组启动计划进行资助,用于发展关键性技术与资源。

1988年,人类基因组计划再次得到显著的推动,DNA双螺旋结构的发现者和诺贝尔生理学或医学奖的获得者詹姆斯·沃森领导着美国国家卫生研究院中新成立的研究中心,加入了这个计划。对于人类基因组计划,沃森的评价是:“不尽快将它(人类基因组计划)完成将是非常不道德”,“能让我的科学生涯从双螺旋(指的是组成人类染色体的单倍体中的核苷酸序列组成)跨越到人类基因组是我的荣幸”。但1992年沃森于该计划的领导角色被弗朗西斯·柯林斯取代。

1990年,人类基因组计划由美国能源部和国家卫生研究院投资正式立项,预期投资30亿美元、在15年内完成。

搅局者 J. Craig Venter

在国际人类基因组计划(以下简称“国际计划”)启动八年后的1998年,Venter 创办了一家名为 Celera Genomics 的私立公司,开展独立的人类基因组计划。与国际人类基因组计划相比,该公司希望能以更快的速度和更少的投资(3亿美元,仅为国际计划的十分之一)来完成此项工程。Celera 的另起计划被认为对人类基因组计划是一件好事,因为 Celera 的竞争促使国际人类基因组计划不得不改进其策略,进一步加速其工作进程,使得人类基因组计划得以提前完成。

基于对基因结构的了解及对电子机具的认识,Celera 公司陈奕雄博士的团队采用了更快速同时更具风险的技术全基因组霰弹枪测序法,进而创造出全世界第一台全自动测序仪ABI3600。霰弹枪测序法的思想是将基因组打断为数百万个DNA片段,然后用一定的算法将片段的序列信息重新整合在一起,从而得到整个基因组序列。为了提高这一方法的效率,1990年代,测序和片段信息整合达到了自动化。这一方法虽然已被用于序列长达6百万个碱基对的细菌基因组测序,但对于人类基因组中30亿碱基对的序列测定,这一技术能否成功在当时还未有定论。

Celera 一开始宣称只寻求对200至300个基因的专利权保护,但随后又修改为寻求对“完全鉴定的重要结构”的总共100至300个靶基因进行知识产权保护。1999年,Celera申请对6500个完整的或部分的人类基因进行初步专利保护;批评者认为这一举动将阻碍遗传学研究。此外,Celera 建立之初,同意与国际计划分享数据,但这一协定很快就因为 Celera 拒绝将自己的测序数据存入可以自由访问的公共数据库 GenBank 而破裂。虽然 Celera 承诺根据1996年百慕大协定每季度发表他们的最新进展(国际计划则为每天),但不同于国际计划的是,他们不允许他人自由发布或无偿使用他们的数据。

2000年,经美国国家卫生研究院院长科林斯与 Celera 公司集团协调后,由美国总统克林顿牵着两个团队领导人的手,宣布人类基因体计划完成,其所有人类基因组数据为人类共同财富,不允许专利保护,且必须对所有研究者公开,Celera 最后决定将数据公开。但这一事件也导致 Celera 的股票价格一路下挫,并使倚重生物技术股的纳斯达克指数受到重挫。

另外,人类基因组计划后来扩展为国际合作的计划,英国、日本、法国、德国和中国先后加入,形成了国际基因组测序联盟。为了协调各国人类基因组研究,1988年在维克多·马克库斯克等科学家的倡导下,国际人类基因组组织(HUGO)宣告成立。

https://en.wikipedia.org/wiki/Human_Genome_Project

 

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上次由 shepherd17 在 30 4月 2026, 10:44,总共编辑 6 次。
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Re: J. Craig Venter 死了

#3

#3 帖子 resso »

所以最后到底是谁先测完基因?

 

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Re: J. Craig Venter 死了

#4

#4 帖子 shepherd17 »

resso 写了: 昨天, 07:47

所以最后到底是谁先测完基因?

上面我提到了:(草图) 由公共基金资助的国际人类基因组计划和私人企业 Celera Genomics 各自独立完成,并分别同时公开发表。

实际上当时发表时不能说人类基因组测序已经完成了,有些序列上高度重复的区域直到2022年才算基本完成。

https://www.genome.gov/about-genomics/e ... 20sequence.

 

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上次由 shepherd17 在 30 4月 2026, 07:59,总共编辑 1 次。
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Re: J. Craig Venter 死了

#5

#5 帖子 resso »

shepherd17 写了: 昨天, 07:52
resso 写了: 昨天, 07:47

所以最后到底是谁先测完基因?

上面我提到了:(草图) 由公共基金资助的国际人类基因组计划和私人企业 Celera Genomics 各自独立完成,并分别同时公开发表。

谁先谁后

 

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Re: J. Craig Venter 死了

#6

#6 帖子 shepherd17 »

resso 写了: 昨天, 07:57
shepherd17 写了: 昨天, 07:52

上面我提到了:(草图) 由公共基金资助的国际人类基因组计划和私人企业 Celera Genomics 各自独立完成,并分别同时公开发表。

谁先谁后

同时发表,不分先后。

 

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Re: J. Craig Venter 死了

#7

#7 帖子 shepherd17 »

2021年 Venter 接受采访时的讲话片段:

我们知道,用于细菌基因组的算法无法用于人类基因组,现有的计算机也同样不行。我们收到了成千上万份求职简历,幸运的是,其中有一份来自尤金·迈尔斯(Eugene Myers),他最终成为人类基因组计划中的关键英雄之一。Gene 当时是亚利桑那大学的教员,也是用于序列分析的 BLAST 工具的主要开发者。他一直在思考更大规模的基因组组装问题,并受到我们在细菌基因组方面成功的鼓舞。Gene 和一个小团队在几个月内写了 50 万行代码,创建了 Celera Assembler。九个月后,我们获得了完整的人类基因组序列,并开始对其进行注释,以了解它对我们自身的揭示。

我们在《Science》杂志上发表了分析,但这是在已故的《Science》编辑 Don Kennedy 出面推翻公共项目领导者试图阻止我们发表的行为之后才得以刊登。同一天,NIH 的团队在《Nature》杂志上发表了他们的数据。

We knew the algorithm that we were using for bacterial genomes would not work for humans, nor would any of the existing computers. We had thousands of resumes sent to us, and fortunately one was from Eugene Myers, who ended up being one of the key heroes of the human genome. Gene, who was then a faculty member at the University of Arizona and had been the key developer of the BLAST tool for sequencing analysis, had been thinking about larger genome assembly and was encouraged by our success with bacterial genomes. Gene and a small team wrote 500,000 lines of computer code in a few months to create the Celera Assembler. Nine months later we had a complete human genome sequence and set out to annotate it to see what it said about us. We published our analysis in Science only after the late Don Kennedy, Science editor, stepped in to override leaders of the public project who had attempted to block our publication. The NIH effort published their data in Nature on the same day.

https://www.scientificamerican.com/arti ... an-genome/

 

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Re: J. Craig Venter 死了

#8

#8 帖子 Lilyamao »

虽然我没有耐心看完,但是请收下我的膝盖

 

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Re: J. Craig Venter 死了

#9

#9 帖子 Lilyamao »

我老公当年啥也没有、就靠常年订阅cell nature , 每天看;我就心甘情愿把自己做了个家务全包的黄脸婆、因为感觉老公好了不起

 

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Re: J. Craig Venter 死了

#10

#10 帖子 shepherd17 »

Lilyamao 写了: 昨天, 09:48

我老公当年啥也没有、就靠常年订阅cell nature , 每天看;我就心甘情愿把自己做了个家务全包的黄脸婆、因为感觉老公好了不起

你被老公骗了。你今晚让他给你搓脚。

 

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